인간과 곰팡이는 다양한 영향을 주고받는다.

곰팡이는 실 모양의 균사로 이루어진 균계 생물을 폭넓게 통칭하는 말이며 동물도 아니고 식물도 아니다. 화석상의 기록으로는 남극 북서부 선캄브라아기 중기 시절에 퇴적된 암석에서 오늘날 포자와 비슷한 구체에 T자형 가는 섬유가 연결된 이중 세포막을 가진 곰팡이 화석이 발견됐다.

곰팡이에는 수천 종이 있으며 자라나는 데 습기를 필요로 한다. 일부 종은 바다나 물에서 번식하기도 한다. 자체적인 광합성을 못하기 때문에 외부 유기물질에 의존해 살아간다. 또한 분해효소 외에 독소도 분비하는데 이는 다른 미생물의 번식을 방해한다.

많은 수의 미세 포자를 퍼뜨려 번식하는 곰팡이는 무성생식과 유성생식 중 하나 이거나 둘 다 하는 종류가 있다. 포자는 공기 중을 떠다니다 표면에 달라붙어 번식한다. 곰팡이의 성별은 동식물과 달리 ‘+’와 ‘-’로 구별한다.

인간에게 긍정적 영향을 주는 곰팡이에는 누룩곰팡이와 푸른곰팡이가 있다. 누룩곰팡이는 콩을 발효시켜 된장, 간장을 만드는데 사용되며 막걸리 제조에도 쓰인다. 일본에서는 사케나 가쓰오부시를 만들 때 사용한다. 누룩곰팡이는 막걸리를 제조할 때 전분 분해 효소인 아밀레이스로 곡물의 전분을 분해해 당분을 생성하고 이 당분을 효모가 분해해 알코올이 만들어진다.

푸른곰팡이를 이용해 항생제 페니실린을 만들었다. 이는 알렉산더 플레밍이 지난 1928년에 발견했으며 현재는 내성균주가 많아지는 추세라 잘 쓰이지 않는다.

인간에게 악영향을 미치는 곰팡이도 존재한다. 곰팡이는 백신이 없어 능동적 예방이 불가능하고 항생제가 먹히지 않아 항진균제를 사용해야 하는데 이는 독성이 강하고 제조하기도 어렵다. 또한 쥐와 바퀴벌레와 함께 주거 환경을 위협하는 생물 중 하나로 공기 중에 떠도는 포자가 많으면 알레르기 및 호흡기 질환을 일으키거나 무좀 같은 피부염을 유발한다. 어떤 종류는 전선이나 플라스틱, 심지어는 알루미늄까지 부식시키기도 한다.

집 곰팡이를 없애는 방법에는 통풍이 잘 안되는 곳을 좋아하는 곰팡이의 습성을 생각해 정기적으로 환기를 시키거나 티트리 오일과 물을 섞은 혼합물을 곰팡이가 핀 곳에 살포하는 방법도 있다. 또한 곰팡이 제거제를 사용하면 더 효과적으로 제거할 수 있다.